Βρίσκεται στη βόρεια ακτογραμμή της Κρήτης, δυτικά του κόλπου Μεραμβέλλου και είναι η πρωτεύουσα του Νομού Λασιθίου. Ο Άγιος Νικόλαος αποτελεί έναν από τους ομορφότερους προορισμούς της Κρήτης και της Ελλάδας, αφού εκτός από τις παραλίες του διαθέτει ξεχωριστά τοπία μεσογειακής ομορφιάς.
Ανάμεσα στα αξιοθέατα της πόλης που είναι χτισμένη πάνω στο επίνειο της αρχαίας δωρικής πόλης Λατούς Ετέρας, ξεχωρίζουν η λίμνη Βουλισμένη, μία λιμνοθάλασσα που βρίσκεται στο κέντρο της πόλης και η ύπαρξη της οποίας συνδέεται με πολλούς αστικούς μύθους, το μικρό νησί της Σπιναλόγκας στα ανοιχτά του κόλπου της Ελούντας, τα νησάκια Αγίων Πάντων και Φάρου και η μόνιμη έκθεση ΙΡΙΣ.
Η πόλη έγινε παγκοσμίως γνωστή τη δεκαετία του '60 από σκηνοθέτες όπως ο Jules Dassin, αλλά και από παραγωγούς του BBC, ενώ πιο πρόσφατα στην περιοχή συνέρευσαν πολλοί τουρίστες με σκοπό να δουν το νησάκι της Σπιναλόγκα που προβλήθηκε παγκόσμια μέσω της επιτυχημένης τηλεοπτικής σειράς «Το Νησί».