Η αποχώρηση του Τζον Άλεν αποτελεί ένα σημαντικό πλήγμα για την κυβέρνηση της Ουάσινγκτον, με τον Λευκό Οίκο να κινητοποιείται για να βρει τον αντικαταστάτη του, όπως γράφουν τα αμερικανικά ΜΜΕ.
Παρά το γεγονός ότι το Στέιτ Ντιπάρτμεντ δεν έχει ακόμη ανακοινώσει επισήμως την αποχώρηση, ο ίδιος έχει ενημερώσει γραπτώς τους πολιτικούς του προϊσταμένους, δίνοντας ως καταληκτική ημερομηνία της θητείας του την 1η Νοεμβρίου. Την παραίτησή της υπέβαλε και η επικεφαλής του γραφείου του Άλεν, Κάριν φον Χίπελ, έχοντας προσληφθεί από βρετανικό ινστιτούτο ερευνών.
Οι παραιτήσεις αυτές ήρθαν τη χειρότερη χρονική στιγμή για την κυβέρνηση Ομπάμα. Πριν από ένα μήνα, ο νέος αρχηγός του σώματος των πεζοναυτών των ΗΠΑ, αντιστράτηγος Ρόμπερτ Νέλερ, χαρακτήρισε τον πόλεμο κατά του Ισλαμικού Κράτους «αδιέξοδο» σε κατάθεσή του ενώπιον του Κογκρέσου.
Πολλοί είναι πάντως οι Αμερικανοί αξιωματούχοι οι οποίοι υποστηρίζουν ότι η παραίτηση του στρατηγού Άλεν οφείλεται στην άρνησή του να αποδεχθεί τις διαρκείς παρεμβάσεις του Λευκού Οίκου στο έργο του, αλλά και στην αποτυχία του να εξασφαλίσει έγκριση για αύξηση των κονδυλίων προς τους Σύρους αντάρτες.
Αξίζει να σημειωθεί ότι, ο Τζον Άλεν κατά τη διάρκεια της θητείας του δεν κατάφερε να πείσει την κυβέρνηση να εξασφαλίσει την παρουσία ομάδων Αμερικανών σμηνιτών στο έδαφος του Ιράκ, ούτε κατάφερε να ωθήσει τον Λευκό Οίκο να δεχθεί τα τουρκικά αιτήματα για δημιουργία μια «ασφαλούς ζώνης» στη Βόρεια Συρία, όπου θα μπορούσαν να καταφύγουν άμαχοι από τις εμπόλεμες ζώνες.
Παρ’ όλα αυτά, κυβερνητικοί αξιωματούχοι επιμένουν ότι η απόφαση του Άλεν λήφθηκε εξαιτίας των σοβαρών προβλημάτων υγείας της συζύγου του. Στις επιτυχίες του στρατηγού Άλεν συγκαταλέγεται η συμφωνία με την Άγκυρα, που επιτρέπει σε αμερικανικά μαχητικά αεροσκάφη να χρησιμοποιούν την αεροπορική βάση του Ιντσιρλίκ για τις επιχειρήσεις τους εντός της Συρίας.
Η θητεία του Άλεν ως επικεφαλής του συντονισμού του πολέμου κατά του Ισλαμικού Κράτους διήρκεσε μόλις ένα χρόνο. Ο Άλεν, πρώην διοικητής των αμερικανικών δυνάμεων στο Αφγανιστάν και εκ των πρωταγωνιστών του πολέμου στο Ιράκ, διορίστηκε συντονιστής του λεγόμενου «διεθνούς συνασπισμού για την αντιμετώπιση του Ισλαμικού Κράτους τον Σεπτέμβριο του 2014.
