Υπό συγκεκριμένες συνθήκες ωστόσο, μπορεί να γίνουν επιβλαβή για τον άνθρωπο προκαλώντας ακόμη και καρκινογένεση.
Μια σειρά ψαριών μεταξύ των οποίων ο σολομός, ο ξιφίας, ο τόνος και ο γαλέος, που προέρχονται από τον Ατλαντικό ωκεανό, ο οποίος είναι μολυσμένος, περιέχουν υδράργυρο, συχνά πάνω από τα επιτρεπτά όρια.
Ο υδράργυρος συσσωρεύεται στον οργανισμό και προκαλεί βλάβες στον εγκέφαλο, το κεντρικό νευρικό σύστημα και είναι ύποπτος για καρκινογένεση. Μάλιστα ο Αμερικανικός Οργανισμός Τροφίμων και Φαρμάκων συνιστά στις έγκυες γυναίκες να μην καταναλώνουν αυτήν την κατηγορία ψαριών κατά την διάρκεια της εγκυμοσύνης και για τον υπόλοιπο πληθυσμό μια φορά τον μήνα. Παρόμοιες συστάσεις έχουν γίνει και από την Ευρωπαϊκή Αρχή Ασφάλειας Τροφίμων και από τους αντίστοιχους οργανισμούς Αυστραλίας και Καναδά.
Η διευκρίνιση αφορά μόνο αυτήν την κατηγορία ψαριών και όχι τα άλλα είδη τα οποία θεωρούνται απαραίτητα για μια υγιεινή διατροφή και ιδιαίτερα τα ψάρια του Αιγαίου.
Επιπλέον ο σολομός ιχθυοτροφείου αλλά και ο ξιφίας, ο γαλέος και ο τόνος περιέχουν πολυχλωριομένα διφαινύλια (κλοφέν, PCBs) τα οποία συσσωρεύονται στον οργανισμό, δρουν αθροιστικά και προκαλούν βλάβες στο ορμονικό σύστημα του οργανισμού, ενώ είναι ύποπτα και για καρκινογενέσεις.
Τα πολυχλωριομένα διφαινύλια προέρχονται από τους μολυσμένους ωκεανούς.
Ένας άλλος παράγοντας που σχετίζεται με καρκινογένεση είναι η συντήρηση των ψαριών. Εδικά τα καπνιστά ψάρια και όσα συντηρούνται σε μεγάλες ποσότητες αλατιού, έχουν συνδεθεί με καρκίνο του στομάχου. Τα ψάρια που έχουν συντηρηθεί με μία συγκεκριμένη μέθοδο συντήρησης που περιλαμβάνει προσθήκη άλατος και ζύμωση (Cantonese style) συνδέονται με αυξημένο κίνδυνο ανάπτυξης ρινοφαρυγγικού καρκίνου.
