Ο Ιερός Ναός χτίστηκε στο σημείο όπου βρέθηκε η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας μετά από οράματα που είχε η τότε Μοναχή, Αγία Πελαγία.
Το 1821 η Θεοτόκος εμφανίστηκε για πρώτη φορά σε έναν γέροντα κηπουρό, ονόματι Μιχάλη Πολυζώη, καθοδηγώντας τον να πάει στο χωράφι του Αντωνίου Δοξαρά προκειμένου να σκάψει και να βρει το εικόνισμα της. Παρά την προσπάθεια που ο ίδιος έκανε, δεν βρέθηκε τίποτα και οι έρευνες εγκαταλείφθηκαν.
Δυο χρόνια μετά η Παναγία εμφανίστηκε και πάλι στην μοναχή Πελαγία η οποία για τρεις συνεχόμενες εβδομάδες έβλεπε στον ύπνο της την Παναγιά να της ζητάει να οργώσει το χωράφι για να ξεθαφτεί το εικόνισμα. Οι ανασκαφές ξεκίνησαν άμεσα με τη συνδρομή των πολιτών και στις αρχές Σεπτεμβρίου το 1822 βρέθηκαν τα ερείπια ενός παλαιού ναού του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου.
Τότε οι προσπάθειες εγκαταλείφθηκαν και πάλι ενώ στις 31 Ιανουαρίου το 1823 ένας εθελοντής εργάτης, ονόματι Δημήτρης Βλάσσης ψάχνοντας το εικόνισμα της Παναγιάς προσέκρουσε με την αξίνα πάνω στο θαυματουργό εικόνισμα του Ευαγγελισμού χωρίζοντας το στα δυο μέρη, μεταξύ της Θεοτόκου και του Αρχαγγέλου.
Η εύρεση της Παναγίας θεωρήθηκε καλός οιωνός για την έκβαση της ελληνικής επανάστασης ενώ το γεγονός αυτό διαδόθηκε άμεσα από στόμα σε στόμα κάνοντας τους πιστούς να συρρέουν στο σημείο για να προσκυνήσουν την Μεγαλόχαρη. Ανάμεσα στους πρώτους προσκυνητές ήταν οι Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, Ανδρέας Μιαούλης, Νικηταράς (Νικήτας Σταματελόπουλος) και Ιωάννης Μακρυγιάννης. Η ανέγερση του Ναού ξεκίνησε άμεσα ενώ το 1832 είχε ολοκληρωθεί η ανατολική πλευρά του συγκροτήματος. Το σύνολο των εργασιών ολοκληρώθηκε το 1880 χάρη στις δωρεές χριστιανών και Ελλήνων του εξωτερικού.
