Στις 15 Μαρτίου 1943 ξεκίνησε το πρώτο τρένο, για να μεταφέρει στα στρατόπεδα συγκέντρωσης στο Άουσβιτς και στο Μπιρκενάου της Πολωνίας 50.000 Εβραίους από τη Θεσσαλονίκη. Στο πρώτο δρομολόγιο μπήκαν 2.800 άτομα της συνοικίας Βαρόνου Χιρς, που ήταν δίπλα στον σταθμό.
Άντρες, γυναίκες και παιδιά, νέοι και μεγαλύτεροι σε ηλικία, στοιβάχτηκαν σε ανοιχτά βαγόνια, που μέχρι τότε μετέφεραν ζώα και εμπορεύματα.
Χωρίς καν τα στοιχειώδη, οι Εβραίοι της Θεσσαλονίκης μεταφέρθηκαν προς εξόντωση στα κρεματόρια. Από τις δεκάδες χιλιάδες άτομα που επιβιβάστηκαν στα τρένα, μόνο 1.950 επέστρεψαν…
Η συστηματική δίωξη άρχισε το δεύτερο καλοκαίρι της Κατοχής. Στις 11 Ιουλίου 1942, όλοι οι άρρενες Εβραίοι της Θεσσαλονίκης διατάχθηκαν να συγκεντρωθούν
Το πρώτο τρένο που ξεκίνησε “φορτωμένο” για το Άουσβιτς.
στην Πλατεία Ελευθερίας για να καταγραφούν σε καταλόγους εργασίας. Κάτω από τον καυτό καλοκαιρινό ήλιο 10.000 περίπου άντρες αναγκάστηκαν να εκτελούν ταπεινωτικές «γυμναστικές ασκήσεις» μέχρι εξάντλησης.
Λίγο αργότερα, περίπου 7.000 από τους Εβραίους της πόλης στάλθηκαν για καταναγκαστικά έργα. Κατασκευάζοντας σιδηροδρομικές γραμμές, δρόμους και οχυρώσεις για τους Γερμανούς σε άθλιες συνθήκες, πολλοί πέθαναν από ασθένειες και κακομεταχείριση. Το Δεκέμβριο του ίδιου χρόνου ξεκίνησε από τους Γερμανούς, σε συνεργασία με το Δήμο Θεσσαλονίκης, την καταστροφή του εβραϊκού νεκροταφείου, ισχυρότατο πλήγμα για την κοινότητα. Αφού το κατέστρεψαν εντελώς, χρησιμοποίησαν τις ταφόπλακες ως οικοδομικά υλικά, με αποτέλεσμα σήμερα να μη σώζεται σχεδόν τίποτα από το νεκροταφείο αυτό του 15ου αιώνα εκτός από μερικές ταφόπλακες που το έμπειρο μάτι μπορεί σήμερα να αναγνωρίσει στο προαύλιο του Αγίου Δημητρίου, στο χώρο γύρω από το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο κ.ά.
Το Φεβρουάριο του 1943, ο βοηθός του διαβόητου Άντολφ Άιχμαν των SS, o Ντήτερ Βισλιτσένι, κατέφθασε στην πόλη, μαζί με τον Αλόις Μπρούνερ, για να προετοιμάσουν τον συστηματικό εκτοπισμό των Εβραίων της πόλης. το διακριτικό κίτρινο αστέρι, απογραφή ατόμων κατοικιών και καταστημάτων, απαγόρευση για τους Εβραίους πώλησης ή μεταβίβασης κινητών ή ακινήτων περιουσιακών στοιχείων και κατάσχεση τηλεφωνικών συσκευών. Τον Μάρτιο περίπου 6.000 οικογένειες υποχρεώθηκαν να μετοικήσουν στα γκέττο που είχαν ορίσει οι Γερμανοί, κυρίως στις γειτονιές του Βαρώνου Χιρς και των Εξοχών, με την απαγόρευση να κουβαλήσουν οτιδήποτε άλλο εκτός από ελάχιστα ατομικά είδη. Η μέγγενη της τρομοκρατίας άρχισε να σφίγγει γύρω από τους τρομοκρατημένους Θεσσαλονικείς.
Οι φυσικοί ηγέτες των κοινοτήτων κήρυτταν ψυχραιμία και πειθαρχία αναδεικνύοντας εαυτούς σε τραγικά πρόσωπα, όπως ο Αρχιραββίνος της Κοινότητας, Ζβι Κόρετς, που αναγκάστηκε να παραδώσει στους Γερμανούς κατάλογο με τα ονόματα όλων των μελών της κοινότητας. Το Σάββατο, 14 Μαρτίου 1943, όσοι Εβραίοι βρίσκονταν στο γκέττο του Βαρώνου Χίρς, δίπλα στο σιδηροδρομικό σταθμό, συνελήφθησαν και την επόμενη μέρα εκτοπίστηκαν με τραίνα στην Πολωνία, στοιβαγμένοι σε υπερπλήρη βαγόνια, με 70 – 75 άτομα το καθένα, χωρίς χώρο για να καθίσουν, με ένα βαρέλι νερό για την διαδρομή και ένα για τις φυσικές τους ανάγκες, για ένα ταξίδι που μπορούσε να διαρκέσει και μια εβδομάδα. Μέχρι τις 2 Αυγούστου 1943, σε συνολικά 19 σιδηροδρομικές αποστολές, περίπου 56.000 Εβραίοι της Θεσσαλονίκης στάλθηκαν στο στρατόπεδο Άουσβιτς – Μπίρκεναου, το μεγαλύτερο εργοστάσιο εξόντωσης στη χιτλερική Ευρώπη.
Πριν τις επιχειρήσεις της Θεσσαλονίκης, είχαν ήδη ξεκινήσει οι εκτοπισμοί των κοινοτήτων της Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης που ανήκαν στη βουλγαρική ζώνη κατοχής. Στις 4 Μαρτίου 1943, οι Έλληνες Εβραίοι των Σερρών, της Δράμας, της Καβάλας, της Κομοτηνής, της Αλεξανδρούπολης και του Διδυμοτείχου (οι δύο τελευταίες κοινότητες ήταν στη γερμανοκρατούμενη μεθοριακή ζώνη) συγκεντρώθηκαν μετά από συντονισμένη βουλγαρική επιχείρηση και στάλθηκαν στο λιμάνι του Λομ, στο Δούναβη, όπου και παραδόθηκαν στους Γερμανούς, οι οποίοι τους μετέφεραν στο στρατόπεδο θανάτου της Τρεμπλίνκα.
Από τους 4.200 Εβραίους της περιοχής μόλις 200 επέζησαν, ενώ οι περιουσίες τους λεηλατήθηκαν. Ήταν οι συντριπτικότερες αναλογικά απώλειες του Ολοκαυτώματος στην Ελλάδα.
