Τον πλήρη διοικητικό και οικονομικό έλεγχο του σχολείου ζήτα από τον υπουργό Παιδείας με επιστολή της η Ομοσπονδία Ιδιωτικών Εκπαιδευτικών Λειτουργών Ελλάδος μετά την δικαστική απόφαση του δικαστηρίου της Νέας Υόρκης σχετικά με το Κολέγιο Αθηνών.
Συγκεκριμένα στα μέσα Δεκεμβρίου βγήκε απόφαση του δικαστηρίου της Νέα Υόρκης η οποία έδωσε τέλος σε μια μακρά διαμάχη που αφορά στο Κολέγιο Αθηνών και συγκεκριμένα ανάμεσα στο συμβούλιο επιτρόπων (Board of Trustees) και τον πρόεδρο και το Διοικητικό Συμβούλιο του Κολεγίου.
Όπως αναφέρει η ΟΙΕΛΕ «ζητά την υπουργική παρέμβαση μετά τη δημοσιοποίηση της απόφασης που αποτελεί κόλαφο για τη διοίκηση του Κολεγίου Αθηνών. Το Ανώτατο Δικαστήριο της Πολιτείας της Νέας Υόρκης αποφαίνεται ότι η διοίκηση του Ελληνοαμερικανικού Εκπαιδευτικού Ιδρύματος (Ε.Ε.Ι.) του οποίου ηγείται ο Αλέξανδρος Σαμαράς (αδελφός του πρώην πρωθυπουργού) φρόντισε να διαιωνίζονται συνθήκες αδιαφάνειας, αναξιοκρατίας και διάλυσης των εργασιακών σχέσεων στο εκπαιδευτήριο, μέσω της ρήξης με το έτερο εποπτικό σώμα του Κολεγίου που εδρεύει στην Αμερική, του Συμβουλίου των Επιτρόπων. Οι συνθήκες αυτές διαπιστώθηκαν από Πόρισμα «σοφών» του Χάρβαρντ που κλήθηκε να αξιολογήσει το σχολείο».
Στην ανακοίνωση της η Ομοσπονδία κάνει μια ιστορική αναδρομή σχετικά με την λειτουργία του Κολεγίου. «Η διοίκηση του Ελληνοαμερικανικού Εκπαιδευτικού Ιδρύματος (ΕΕΙ) ζήτησε το 1997 από επιτροπή «σοφών» του Χάρβαρντ να αξιολογήσει το σχολείο. Το πόρισμα της επιτροπής ήταν καταπέλτης για τη διοίκηση του ΕΕΙ.
Μεταξύ άλλων, το πόρισμα του Χάρβαρντ μιλούσε για την «επιθετική» ανάμιξη του ΔΣ στην καθημερινή ζωή του σχολείου, την τρομοκράτηση των εκπαιδευτικών και τις κακές σχέσεις με το σωματείο των εκπαιδευτικών (ΣΕΛΚΑ). Μιλούσε ακόμη για τις κακές εργασιακές συνθήκες και την έλλειψη σεβασμού και εμπιστοσύνης εκ μέρους της διοίκησης στα πρόσωπα των εκπαιδευτικών και ων διευθυντών.
Το πόρισμα έκανε ακόμη λόγο για απαράδεκτη ανάμιξη του ΕΕΙ στην καθημερινότητα του σχολείου, όπως πχ στο πρόγραμμα ΙΒ, στην επιλογή του διδακτικού προσωπικού, στις απολύσεις με αδιαφανή κριτήρια κ.λπ. Λόγω της ενασχόλησης του ΔΣ με το micromanagement του σχολείου, δεν υπήρχε κανένα μακροπρόθεσμο πλάνο πχ για μια καμπάνια δωρεών, ή για την τεχνολογική αναβάθμιση του Κολεγίου που εμφανίζεται παρωχημένο σε αυτό τον τομέα (την εποχή που εκδόθηκε το πόρισμα).
Η πιο χαρακτηριστική φράση του πορίσματος ήταν η ακόλουθη: «Ακόμη και ο πιο επιτυχημένος εκπαιδευτικός του κόσμου δεν θα μπορούσε να αποδώσει μέσα στις εργασιακές συνθήκες που έχουν διαμορφωθεί στο Κολέγιο Αθηνών».
Βασικός στόχος της διοίκησης του Ελληνοαμερικανικού Εκπαιδευτικού Ιδρύματος, όπως προκύπτει και από την απόφαση, ήταν να μην υλοποιηθούν τα πορίσματα της επιτροπής του Χάρβαρντ για τη βελτίωση του σχολείου»
Τον Νοέμβριο του 2007 ο Αλέξανδρος Σαμαράς με επιστολή του προς του επίτροπους τους ενημερώνει ότι παύει κάθε σχέση ανάμεσα στο ΕΕΙ και το Συμβούλιο των Επιτρόπων. Μάλιστα τους καλεί να μην χρησιμοποιήσουν ούτε ένα σεντ του καταπιστεύματος που διαχειρίζονταν οι επίτροποι.
Μέτα από μια σειρά νομικών ενεργειών έφτασε η εν λόγω δίκη της οποίας η απόφαση μεταξύ άλλων αναφέρει: Η λήξη της σχέσης των δύο πλευρών που αποφάσισε μονομερώς το ΕΕΙ κρίνεται άκυρη. Το καταπίστευμα παραμένει υπό τη διαχείριση του Συμβουλίου των Επιτρόπων. Δεν υπάρχει η δυνατότητα μονομερούς καταγγελίας της σχέσης των δύο πλευρών από κανένα από τα δύο σωματεία. Αντιθέτως, εξακολουθούν να ισχύει το προηγούμενο από το 1929 νομικό καθεστώς (τα ονομαζόμενα ως ByLaws) και το MoU του 2004.
Ο δικαστής έκρινε ότι η κατάθεση Σαμαρά ήταν προκλητική, αόριστη και αλαζονική, «ανάξια για να ληφθεί υπόψη» και την απέρριψε στο σύνολό της. Την αποκάλεσε, επίσης, «σκηνοθετημένη» και «γνήσια σοφιστεία» με κατασκευασμένα στοιχεία που είχαν ως στόχο να τον ξεγελάσουν.
