Στις 22 Ιουνίου του 1957, η Σπιναλόγκα έκλεισε, καθώς οι λεπροί που έμεναν εκεί θεραπεύτηκαν, με χρήση αντιβιοτικών.
Το νησί έμεινε αναξιοποίητο για πολλά χρόνια, άρχισε, όμως, να προσελκύει το ενδιαφέρον των τουριστών, που το επισκέπτονταν όλο και περισσότερο. Έτσι, ξεκίνησε σταδιακά η επισκευή κι αναστήλωση των κτισμάτων και των δρόμων και η Σπιναλόγκα κέρδισε ακόμα πιο πολλούς επισκέπτες. «Απογειώθηκε», όμως, ακόμα περισσότερο μετά το βιβλίο της Βικτόρια Χίσλοπ «Το Νησί» και το ομώνυμο σίριαλ.
Η Σπιναλόγκα βρίσκεται ακριβώς απέναντι από την Πλάκα, στα 800 περίπου μέτρα. Η λειτουργία της ως λεπροκομείο ξεκίνησε το 1905. Εκεί οδηγούνταν οι λεπροί, που θεωρούνταν «εστίες μολύνσεως» για τους υπόλοιπους κατοίκους.
Την περίοδο της κατοχής, οι Ιταλοί και Γερμανοί κατακτητές δεν τόλμησαν να αφήσουν ελεύθερους τους κατοίκους της Σπιναλόγκας. Από τον φόβο τους, δεν είχαν καν πλησιάσει στο νησί. Καθώς είχαν εκκενώσει την Πλάκα, ήταν αναγκασμένοι να τροφοδοτούν τους λεπρούς οι ίδιοι. Στη Σπιναλόγκα, δεν πάτησε πόδι ούτε Ιταλού ούτε Γερμανού. Υπήρχε, λοιπόν, η δυνατότητα να λειτουργούν παράνομα ραδιόφωνα. Μάλιστα, ο γιατρός και Διευθυντής Γραμματικάκης μοίραζε τις ειδήσεις του Λονδίνου και του Καΐρου ως δελτία ειδήσεων στους κατοίκους.
Πλέον, από τον Άγιο Νικόλαο, την Πλάκα και την Ελούντα, ξεκινούν καραβάκια κάθε μία ώρα κι οδηγούν τους ταξιδιώτες σε ένα νησί που έμεινε στην ιστορία, ως νησί πόνου και βασανισμένων ψυχών. Θεωρείται, μάλιστα, αυτονόητο ότι αν βρεθεί κανείς στην πλευρά αυτή της Κρήτης, θα επισκεφτεί και "το νησί", όπως το αποκαλούσαν οι κάτοικοι του Αγίου Νικολάου τότε. Αποτελεί, μάλιστα, τον δεύτερο δημοφιλέστερο αρχαιολογικό χώρο στην Κρήτη, μετά την Κνωσσό.
